在《剧场版魔法少女小圆 后篇 永远的故事》中，故事延续了电视动画的深刻主题，聚焦于魔法少女们所面临的残酷命运。美树沙耶加作为善良的魔法少女，在接连不断的战斗中耗尽了自己的生命，她的牺牲成为推动剧情发展的关键转折点。

晓美焰与佐仓杏子在此次事件后，开始深入探究魔法少女系统的真相。她们逐渐发现，这个看似给予希望的系统背后，隐藏着令人绝望的残酷机制。魔法少女们不仅要与魔女战斗，更要面对自身逐渐被消耗的命运。

影片通过细腻的心理描写和精彩的战斗场面，探讨了希望、绝望、牺牲与救赎等深刻主题。角色们在绝境中展现出的勇气与坚持，以及对命运的反抗，构成了这部作品最动人的部分。最终，魔法少女们必须做出艰难的选择，决定是接受这残酷的宿命，还是寻找打破循环的可能性。