U.C.0097年，在“拉普拉斯事变”引发的纷争结束后，世界迎来了短暂的平静。RX-0独角兽高达一号机与二号机被秘密封印，与之对抗的新吉翁残党“袖章”组织也随之瓦解。然而，战争的阴影并未真正远离，被视为禁忌存在的RX-0独角兽高达三号机“凤凰”，在失踪两年后突然现身于地球圈。

“凤凰”搭载了全新的“菲尼克斯”系统，其蕴含的力量远超想象，足以撼动地球联邦的统治根基。这一消息立刻引来了多方势力的觊觎：地球联邦不惜代价试图将其捕获或摧毁；而残余的“袖章”部队，则在首领米谢尔·卢斯特的指挥下，企图夺取这台机体，以实现其复兴吉翁的理想。与此同时，与“凤凰”有着深刻联系的新人類（NewType）少女莉塔·贝尔纳尔，以及她的儿时玩伴、现为联邦军少尉的约拿·吉斯塔夫，也被卷入了这场漩涡的中心。

故事围绕着“凤凰”的争夺，揭示了新人類能力的本质、战争的创伤以及人类对进化未来的抉择。在宇宙的战场上，高达的光芒再次闪耀，个体的命运与时代的洪流激烈碰撞，共同谱写了一曲关于希望、诅咒与救赎的太空史诗。