在关都地区，一群科学家通过梦幻睫毛化石的基因，成功复制出传说宝可梦超梦。这只被改造强化的人造宝可梦拥有远超原型的强大力量，却因缺失真实记忆而陷入身份认同危机。

超梦在新岛建立基地，向世界各地的顶尖训练家发出邀请函。小智与皮卡丘、小霞、小刚一同前往，却发现岛上聚集着众多被复制的宝可梦。超梦对人类与宝可梦的关系提出质疑，认为复制品比原版更完美。

当训练家们的宝可梦与复制体展开对决时，超梦展现出压倒性的精神力量。它揭示了复制宝可梦的悲惨命运，并试图通过战斗证明自己的存在价值。小智在关键时刻挺身而出，用行动诠释了生命的平等与尊严。

影片通过超梦追寻自我的旅程，探讨了生命起源、科技伦理与存在意义等深刻主题。在激烈的战斗场面中，交织着关于友情、包容与理解的温情时刻，最终传递出“每个生命都是独一无二”的核心信息。