东京峰会召开在即，日本警方出动重兵对东京湾的超大设施“海洋边缘”进行严密安保。然而，一场突如其来的爆炸案打破了平静，现场竟留下了毛利小五郎的指纹，他随即被当作嫌疑人逮捕。

此案的检察官安室透，其另一重身份正是黑衣组织成员“波本”，他展现出对毛利小五郎异常的执着。柯南在调查中发现，这起爆炸案背后牵扯出公安与警察厅之间的隐秘博弈。安室透的真实目的似乎并非定罪，而是在引导柯南接近一个更庞大的阴谋。

随着调查深入，柯南与安室透在亦敌亦友的关系中展开智力交锋。他们必须联手面对真正的幕后黑手，阻止一场针对东京峰会的更大规模袭击。本片围绕“正义”与“执行”的主题，展现了柯南与安室透之间复杂的关系，以及他们各自为守护重要之物而战的决心。