在《非常小特务：大决战》这部充满奇幻色彩的喜剧冒险片中，世界上最精英的秘密特工们的孩子们——包括机智的蕾贝卡和她的弟弟塞西——原本过着看似普通的生活。然而，当他们无意间协助魅力十足却暗藏野心的游戏开发者奎因·G·加梅隆时，一场全球危机随之爆发。加梅隆利用孩子们的帮助，释放了一种强大的电脑病毒，使他能够控制全世界所有的技术设备。

随着病毒肆虐，所有成年特工，包括孩子们自己的父母，都被加梅隆的科技力量制服并绑架。世界瞬间陷入混乱，科技反噬人类。面对如此绝境，这群孩子们意识到，拯救至亲和世界的重任落到了自己肩上。他们必须团结起来，将从小耳濡目染的特工技能付诸实践。

影片跟随这群年轻的英雄，看他们如何运用智慧、勇气和令人眼花缭乱的高科技小工具，潜入加梅隆戒备森严的巢穴。一路上，他们遭遇了由失控科技构成的奇异挑战和危险敌人，过程笑料百出，惊险不断。这不仅是一场对抗邪恶反派、解除全球危机的战斗，更是一段关于家庭纽带、自我发现和成长的精彩旅程。孩子们最终必须证明，即使是最年轻的成员，也能成为最伟大的英雄。