《潘多拉的果实～科学犯罪搜查档案～Season2》延续了第一季的科学犯罪调查主线，聚焦于一系列利用前沿科技实施的复杂案件。本季开篇便是一起骇人事件：曾是少年犯的交通引导员别所突然狂暴化，展现出非人的力量，造成多人死伤后猝死。

由冷静睿智的室长小比类卷、思维跳跃的天才科学家最上以及经验丰富的刑警长谷部组成的特别搜查班，再次集结。他们面对的不再是常规犯罪，而是游走于科学伦理边缘的高智商罪行。团队必须借助最新的科学分析技术，从生物技术、人工智能到心理学领域，抽丝剥茧，探寻每起案件背后“潘多拉盒子”被打开的根源。

剧情在调查扑朔迷离的案件过程中，逐渐揭露科学被滥用的社会阴影，同时挖掘团队成员各自的过往与成长。影片以紧凑的叙事节奏，探讨科技发展与人性道德间的永恒博弈。